D-Pad (controle direcional): é com ele que você move as personagens através da tela, assim como posicionar o cursor sobre a opção desejada, etc.

A: talvez o botão que você mais utilizará durante sua aventura. Através do botão A você faz suas escolhas, fala com as pessoas, pega o conteúdo de baús, examina os cenários, etc.

B: é o botão B que cancela uma opção indesejada. Ele também serve para voltar uma opção atrás, como no menu de batalha, voltando às opções iniciais ou voltando ao prompt das opções do menu principal. Quando pressionado faz com que nossas personagens corram, agilizando a exploração.

X: o botão X abre o menu principal para que você faça rotineiras tarefas como equipar suas personagens, utilizar itens consumíveis e Techs (assim como acompanhar o desenvolvimento destas), modificar as configurações do jogo, mudar a ordem das personagens do grupo e salvar.

Y: após ter visitado Gaspar em The End of Time, o botão Y ganha uma importante função: mudar os integrantes do grupo. Como só podemos perambular com três personagens no grupo, quando precisamos de certa personagem utilizamos esta opção para trocar duas ou mais personagens. Durante diálogos e batalhas você também muda a posição da caixa de diálogo.

L e R: estes botões estão no jogo para facilitar sua vida! Ao invés percorrer com o D-Pad um menu inteiro, você utilizará apenas alguns toques nos botão L ou R para subir ou descer, respectivamente, uma página de uma vez, agilizando o gameplay.

Start: serve para pausar/despausar o jogo, para eventuais situações onde a interrupção imediata do jogo é necessária ou apenas um tempinho para descansar.

Select: utilize-o para visualizar o mapa completo do mundo, facilitando sua localização e exploração.